经科学试验和临床实践证明，蜂蜜的食用方法对其营养保健作用和医疗效果有直接影响，食用蜂蜜大有讲究，只有科学的食用方法才能充分发挥蜂蜜的营养保健和医疗功效。常食用蜂蜜不会引起任何副作用，并可增加精力促进人体新陈代谢。所以，自古以来，蜂蜜就被当做是保持青春、延年益寿的灵丹妙药而受到人们的珍爱。中药医学认为，蜂蜜味甘，性平，入肺，脾，心，胃和大肠经，有润肺补中，润肠滑肠，清热解毒，健脾和胃及缓中治痛的功效。
新鲜成熟的蜂蜜可直接食用，也可将其配成水溶液，因为水溶液比直接食用蜂蜜更宜被吸收。一般情况下不可以用开水冲或高温蒸煮蜂蜜，因为不合理的加热，会使蜂蜜中的营养物质严重破坏，蜂蜜中的酶失活，颜色变深，香味挥发，滋味改变。研究表明，在蜂蜜营养成分中，酶类尤其是淀粉酶对热极不稳定，值降低则证明蜂蜜特有的香味和滋味受到破坏而挥发，抑菌作用下降，营养物质被破坏，因此，蜂蜜最好使用40℃以下的温开水或凉开水稀释后食用，特别是在炎热的夏季，用冷开水冲蜂蜜饮用，能消暑解热，是很好的清凉保健饮料。在进餐时将蜂蜜涂抹在面包、馒头上，也可把蜂蜜加在温热的豆浆、牛奶中，调和后一并饮下。还可将蜂蜜拌在凉菜中或加入矿泉水，纯净水中饮用，清香可口，营养丰富。从而发挥其应有的医疗保健作用。食用蜂蜜还应注意：
1.蜂蜜的营养成份比较复杂，葱蜜同食后，蜂蜜中的有机酸、酶类遇上葱中的含硫氨基酸等，会发生有害的生学反应，或产生有毒物质，刺激肠胃。
2.不宜与豆腐同食。豆腐味甘、咸，性寒，能清热散血，同时蜂蜜中的多种酶类，豆腐中的多种植物蛋白，有机酸等，二者同食不利于人体的生化反应。
3.不宜与韭菜同食。另外，蜂蜜可通便，韭菜富含纤维素而导泻，容易引起腹泻。
蜂蜜的使用时间大有讲究一般均在饭前1～1.5小时或饭后2～3小时食用比较适宜。但对有胃肠道疾病的患者，则应根据病情确定食用时间，以利于发挥其医疗作用。因为科学研究和临床实践证明，蜂蜜对胃酸分泌有双重影响，当胃酸分泌过多或过少时，蜂蜜可起到调节作用，使胃酸分泌活动正常化。如在饭前一个半小时使用蜂蜜，它可抑制胃酸的分泌；如在食用蜂蜜后立即进食，它又会刺激胃酸的分泌；温热的蜂蜜水溶液能使得胃液稀释而降低胃液酸变，而冷的蜂蜜水溶液却可提高胃液酸多，并能刺激肠道的运动，有轻泻作用。因此，患肥大性胃炎、特别是胃和十二脂肠溃疡的患者，宜在饭前一个半小时使用温蜂蜜水，不仅能抑制胃酸的分泌，而且能使胃酸降低，从而减少对胃黏膜的刺激，有利于创面的愈合。在每天睡觉前食用蜂蜜，可以促进睡眠，因为蜂蜜有安神益智和改善睡眠的作用。